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1979 übernahm der Maschinenbauingenieur das Institut für Kunststoffprüfung und Kunststoffkunde an der Universität Stuttgart und baute es von sieben auf über 60 Mitarbeiter auf. 1994 übernahm er die Leitung des Fraunhofer-Instituts für Chemische Technologie, an dem er seit Mitte der 90er Jahre gemeinsam mit Prof. Dr. Peter Elsner viele neue Themen etablierte. Als Entwicklungsleiter bei Lechler Elring, Dettingen, als Entwicklungsdirektor bei Raybestos Manhattan, Radevormwald, sowie als Geschäftsbereichsleiter Engineering bei Pebra, Esslingen, setzte er Akzente in der Industrie. 1991 gründete er die Firma PE International, Leinfelden-Echterdingen, die heute Marktführer in strategischer Beratung, Softwarelösungen und umfassenden Dienstleistungen im Themenfeld Nachhaltigkeit ist.

Seit seinem offiziellen Ruhestand 2006 kümmert sich Eyerer verstärkt um die TheoPrax Lehr- und Lernmethodik, die er gemeinsam mit Dörthe Krause ab Mitte der 90er Jahre entwickelt hat. Seit 2010 unterstützt er außerdem das Automotive Engineering Network (AEN) innerhalb der Wirtschaftsförderung Karlsruhe als Clustermanager.